2016-2017 Ziraat Türkiye Kupası 3. Tur Kura Çekimi, TFF'nin Beykoz-Riva'daki idari merkezinde bulunan Orhan Saka Salonu'nda gerçekleştirildi. 3. Turda Samsunspor Menemen Belediyespor ile eşleşti.
25, 26 ve 27 Ekim tarihlerinde tek maç eleminasyon usulüne göre oynanacağı Ziraat Türkiye Kupası 3. Turu'nda eşleşmeler şöyle oluştu; SAMSUNSPOR MENEMEN BELEDİYESPOR SİVASSPOR BUGSAŞ SPOR A.Ş. PENDİKSPOR GENÇLERBİRLİĞİ KIRKLARELİSPOR GAZİANTEP BÜYÜKŞEHİR BELEDİYESPOR BURSASPOR YOMRASPOR AKHİSAR BELEDİYESPOR NAZİLLİ BELEDİYESPOR İNEGÖLSPOR SARIYER AFJET AFYONSPOR ÜMRANİYESPOR BANDIRMASPOR SANCAKTEPE BELEDİYESPOR KASIMPAŞA A.Ş. KAHRAMANMARAŞSPOR A.Ş. 24ERZİNCANSPOR YENİ MALATYASPOR KIZILCABÖLÜKSPOR KOCAELİ BİRLİK SPOR KAYSERİSPOR BUCASPOR BALIKESİRSPOR DARICA GENÇLERBİRLİĞİ YENİ AMASYASPOR DENİZLİSPOR ÇORUM BELEDİYESPOR TRABZONSPOR A.Ş. ELAZIĞSPOR OFSPOR A.Ş. GALATASARAY A.Ş. DERSİMSPOR BÜYÜKŞEHİR BELEDİYE ERZURUMSPOR TUZLASPOR FATİH KARAGÜMRÜK A.Ş. GÖZTEPE A.Ş. GAZİANTEPSPOR DÜZYURTSPOR BOLUSPOR ELAZİZ BELEDİYESPOR AMED SPORTİF FAALİYETLER KEÇİÖRENGÜCÜ AYDINSPOR 1923 ANTALYASPOR A.Ş. ÇAYKUR RİZESPOR FETHİYESPOR GÜMÜŞHANESPOR KONYA ANADOLU SELÇUKSPOR BÜYÜKÇEKMECE TEPECİKSPOR A.Ş. ŞANLIURFASPOR